ie große Orgel in der St.-Jakobs-Kirche (im Bild links) wurde von der Firma Rieger in Vorarlberg erbaut. Mit vier Manualen, 69 klingenden Stimmen, zwei Spieltischen und etwa 5000 Pfeifen gehört sie zu den bedeutendsten Orgelwerken in Bayern. Zur Kirchengemeinde St. Jakob gehört auch die älteste Kirche Rothenburgs, die Franziskanerkirche. Dort befindet sich eine überaus wertvolle romantische Orgel der Nürnberger Firma Johannes Strebel aus dem Jahre 1889. Auf zwei Manualen und Pedal sind 14 klingende Stimmen verteilt. In den Jahren 1991 bis 1993 wurde das Instrument von der Firma Sandtner (Dillingen) restauriert. Auch in der Franziskanerkirche finden Konzerte statt, zwischen April und September erklingt die Orgel jeden letzten Samstag im Monat von 11.40 Uhr bis 12 Uhr im Rahmen der Reihe "Kleine Orgelmusik zur Mittagszeit".